A practical guide to consolidating Gmail, Outlook, PST, and EML into a private local archive with exact deduplication, traceable attachments, full-text search, reports, and integrity checks.
Tutorials
How-tos and guides from Trinh — bioinformatics, lab techniques, and more, in English and Vietnamese.
Ghi chú
22.07.2016. Cập nhật cách sửa lỗi định dạng sai danh mục tài liệu
08.01.2016. Cập nhật trả lời thắc mắc bạn đọc:
Câu 1. Sau khi chỉnh sửa, Style tự động lưu lại ở đâu?
Sau khi bạn chỉnh sửa, Style lưu lại dạng file .ens không nằm ở thư mục cũ mà nằm tại thư mục Endnote mới trong Document C:\Users\[Tên User]\Documents\EndNote\Styles.
Câu 2. Cách sắp xếp danh mục tài liệu theo thứ tự chèn vào?
Vào Edit\ Output Styles để chỉnh sửa lại Sort Order như hình ảnh:
13.07.2015. Cập nhật sửa lỗi thừa dấu ngoại ở Bibliography trong Style Khoa Dược: [[1] thành [1]
Do một số bạn không để ý về mẫu định dạng EndNote theo yêu cầu Khóa luận của Khoa Dược, Đại học Y Dược nên mình xin phép đưa nội dung này lên đầu bài.
1.1. File EndNote Style Khoa Dược mình chỉnh sửa sẵn theo định dạng Khóa luận tốt nghiệp – Khoa Dược – Đại học Y Dược TP. HCM. Trong này mình bổ sung thêm định dạng cho Website, Patent không được quy định rõ trong hướng dẫn của Khoa. File chỉ mang tính chất tham khảo, các bạn có thể chỉnh sửa cho phù hợp nhu cầu cá nhân nhé. Tải về tại đây và chép file vào đường dẫn: C:\Program Files\EndNote X7\Styles.
Các phần mềm quản lý, trích dẫn tài liệu như EndNote cung cấp cho chúng ta một loạt các định dạng mẫu (Styles) có sẵn; tuy nhiên từng cơ quan, tổ chức, từng trường lại có những quy định khác nhau về định dạng này. Do đó, bài viết này tập trung vào hướng dẫn cách thay đổi một định dạng có sẵn cho phù hợp yêu cầu. Các hướng dẫn này thực hiện trên EndNote X7, Word 2013.
EndNote cung cấp sẵn một thư viện, các cơ quan có quy định riêng có thể họ sẽ cung cấp kèm theo file Style để mọi người dễ sử dụng; ở cuối bài này mình có đính kèm một mẫu Style Khóa luận Khoa Dược để các bạn tiện sử dụng. Ví dụ: "Các kiểu trích dẫn trong EndNote theo quy định của Bộ Giáo dục – Đào tạo Việt Nam: Kiểu 1, Kiểu 2, Kiểu 3."
Sau khi tải về các bạn sẽ được file Style có dạng *.ens, chúng ta chép file này vào thư mục Styles của EndNote với đường dẫn sau: C:\Program Files\EndNote X7\Styles. Sau khi chép xong, bạn khởi động EndNote truy cập như hình bên dưới và tìm chọn mẫu vừa mới chép vào. Tên mẫu thường trùng tên File.
Trong trường hợp không được cung cấp sẵn mẫu từ cơ quan hoặc bạn phải là người tạo ra mẫu này chúng ta có 2 cách làm.
Cách 1: Tạo một mẫu mới;
Cách 2: Sửa từ mẫu cũ. Ban đầu khi tiếp xúc với EndNote mình chọn cách 1, tuy nhiên sau khi vật vã một hồi mình đành ngậm ngùi làm cách thứ 2.
Cách làm như sau:
Chọn Edit/ Output Styles/ Edit "…" để tiến hành sửa một mẫu có sẵn. Nếu muốn làm cách 1 bạn có thể chọn New Style…
Tiếp theo, một hộp thoại xuất hiện cho phép chúng ta thực hiện các thao tác sửa đổi. Đừng vội, trước hết bạn hãy lưu lại mẫu này thành 1 file khác đã, rồi hãy thao tác trên file đó nhé.
File/ Save As… Đặt tên mới/ Save
Lưu xong, chúng ta bắt đầu sửa đổi nhé!
Chúng ta cần quan tâm 2 phần chính ở phía tay trái hộp thoại là: Citations và Bibliography.
Citations: Định dạng cho các trích dẫn. Ví dụ: [1, 2, 3] hay {1-3} hay [Simon, 2010]…
Bibliography: Định dạng mục lục tham khảo. Ví dụ: [1] Takhtajan A. (2009), Flowering Plants, Second, Springer, pp. 167-281.
Mỗi mục như vậy chúng ta sẽ lần lượt sửa theo nhu cầu của mình.
Ví dụ 1: [1] Takhtajan A. (2009), Flowering Plants, Second, Springer, pp. 167-281. yêu cầu của chúng ta là tên sách phải in nghiêng thì chúng ta sửa trong Bibliography/ Templates
Ví dụ 2: Hiển thị mục lục tài liệu sắp xếp theo Tiếng Việt trước, Tiếng Anh sau. Trong mỗi phần sắp xếp theo tên tác giả.
Ta tiến hành chỉnh sửa trong mục: Bibliography/ Sort Order
Ví dụ 3: Thực hiện một trích dẫn như sau: "Hoàng Thị Yến (2010) đã tiến hành các nghiên cứu định tính, xác định thành phần hóa học trên Pouzolzia zeylanica (L.) Benn. với phương pháp định tính saponin dựa vào khả năng tạo bọt và phá huyết."
Trong ví dụ trên là trích dẫn ngay trong văn viết, để định dạng cho kiểu trích dẫn trên ta vào Citations/ Templates/ Citation – Author (Year)
Ví dụ 4: Năm 2007, một nghiên cứu tại trường Đại học Khoa học Tự Nhiên, Đại học Quốc gia TP. Hồ Chí Minh đã định tính bằng phản ứng màu hai hợp chất vitexin, isovitexin phân lập từ thuốc dòi bằng phản ứng FeCl3 cho màu xanh dương [6].
Để trích dẫn kiểu như trên ta sửa mục Citation trong ví dụ 3 thành [Biblography Number]
Tương tự, chúng ta có thể tiến hành chỉnh sửa cho các yêu cầu khác.
Sau khi hoàn thành, các bạn lưu (File/ Save) và tắt cửa sổ. Kiểm tra kết quả bằng hộp Preview.
Phụ đính
1.1. File EndNote Style Khoa Dược mình chỉnh sửa sẵn theo định dạng Khóa luận tốt nghiệp – Khoa Dược – Đại học Y Dược TP. HCM. Trong này mình bổ sung thêm định dạng cho Website, Patent không được quy định rõ trong hướng dẫn của Khoa. File chỉ mang tính chất tham khảo, các bạn có thể chỉnh sửa cho phù hợp nhu cầu cá nhân nhé. Tải về tại đây và chép file vào đường dẫn: C:\Program Files\EndNote X7\Styles.
—
Sửa lỗi sai định dạng STT ở danh mục tài liệu:
Chọn Bibliography/ Layout. Tại Start each reference with: chúng ta tiến hành xóa các định dạng cũ, sau đó chọn Insert Field/ Bibliography Number. Sau khi chọn xong chúng ta thêm và các định dạng cần thiết như 2 dấu móc vuông hoặc dấu chấm, khoảng trắng ở cuối tùy ý các bạn.
Lưu và tắt phần định dạng Style đi, kiểm tra kết quả.
1.2. Một số tài liệu hướng dẫn từ Trung tâm thông tin phát triển Việt Nam.
"Những tài liệu dưới đây, do cán bộ thư viện của Trung tâm biên soạn, hướng dẫn kỹ năng sử dụng và tìm kiếm trong một số danh mục và cơ sở dữ liệu; cũng như một số kỹ năng trong quá trình học tập, nghiên cứu và công tác.
Kỹ năng tìm kiếm thông tin trên Internet: Tài liệu hướng dẫn – File bài giảng
Kỹ năng trích dẫn và lập danh mục tài liệu tham khảo: Tài liệu hướng dẫn – File bài giảng
Hướng dẫn sử dụng phần mềm EndNote: phần mềm quản lý dữ liệu thư mục và lập danh mục tài liệu tham khảo. Xem hướng dẫn sử dụng phần mềm EndNote phiên bản X5 dùng trong MS Word 2010.
Các kiểu trích dẫn trong EndNote theo quy định của Bộ Giáo dục – Đào tạo Việt Nam: Kiểu 1, Kiểu 2, Kiểu 3."
Sắp tới có thể mình sẽ viết lại bài này dưới dạng Video Clip, các bạn đón xem nhé!
Mồng 2 Tết Ất Mùi, 2015
Virus là một trong những phiền toái lớn của người dùng máy tính; những nỗi khốn đốn này thường đi kèm với anh bạn không thể không nhắc tới là chiếc USB. Lỗi thường gặp nhất là các file trong USB bị sau khi nhiễm virus, nhiều người tá hỏa lên với vấn đề này vì tưởng rằng dữ liệu của họ đã bị gặm nhấm hết. Thật ra các dữ liệu này vẫn còn ở đó chỉ là bị ẩn đi thôi. Đặc điểm các virus này thường khóa luôn chức năng hiện file trong Folder Option nên khó lòng lấy lại được dễ dàng. Những trường hợp cấp bách như vậy chúng ta có thể áp dụng một số cách sau:
Cách 1. Thử hiện file trong Folder Option
Đặt các thuộc tính như hình bên dưới, lưu ý mục Hide protected operating system files… không được chọn. Cuối cùng nhấn OK và xem kết quả.
Cách 2. Gõ lệnh hiện file vào cmd
Bấm Window + R để mở lệnh Run…Nhập cmd. Bấm Enter.
Cửa sổ Command Prompt hiện ra. Tiếp đến gõ lệnh F: (lưu ý F là ổ USB của bạn) và nhấn Enter để chuyển dấu nhắc sang ổ USB.Gõ lệnh attrib -S -H /S /D và nhấn Enter là xong.Lưu ý:-S để bỏ đi thuộc tính hệ thống bị khóa.-H là bỏ đi thuộc tính ẩn bị khóa./S, /D có chức năng thay đổi thuộc tính cho tất cả file, thư mục trong ổ USB.
Cách 3. Sử dụng phần mềm Bkav FixAttrb hoặc USB Show
Sau khi tải về các bạn chạy file lên và sử dụng, giao diện phần mềm cực kỳ đơn giản như sau:
Chọn thư mục hoặc ổ đĩa cần hiện file ẩn. Ấn OK. Sau đó bấm Hiện file ẩn là xong.
Với Bkav FixAttrb.exe: bạn click vào "Chọn ổ đĩa" để chọn ổ đĩa hoặc thư mục cần hiện các file ẩn rồi bấm "OK", công cụ báo "Đã đặt xong thuộc tính!". Lúc này, các bạn đóng cửa sổ công cụ lại, rồi vào ổ đĩa kiểm tra thử xem các file và thư mục bị ẩn giờ đã có thể truy nhập và nhìn thấy dữ liệu bị ẩn trước đó chưa nhé.
Với USB Show.exe: trên giao diện chính bạn bấm nút "Recovery the hide files", ở cửa sổ "Browse For Folder" tìm chọn ổ đĩa USB mà bạn cần thực hiện, rồi bấm "OK". Quá trình quét và khôi phục file bị virus ẩn đi sẽ diễn ra sau đó. Đến khi hoàn tất, bạn bấm OK.
Tải tài liệu! Vấn đề chung của cả cá nhân mình và khá nhiều bạn. Mình may mắn nhận ra vấn đề này sớm từ năm thứ 2 đại học khi bắt đầu tham gia quản trị diễn đàn sinhvienduoc.com. Một mảng hoạt động của diễn đàn là chia sẻ, tìm kiếm tài liệu học thuật, lúc ấy chỉ có anh Toàn Dược 2007 phụ trách chính. Lúc đó cũng không biết cái khái niệm tài liệu học thuật là thứ gì hết, chỉ đơn giản cái bản tính tò mò với vấn đề mới làm mình phải tìm tòi.
Hồi đầu năm thứ nhất đại học, BQT diễn đàn cũng đã từng một lần tổ chức chương trình tìm kiếm tài liệu trên internet, hồi đó mình cũng nghĩ rằng à thì google, yahoo… công cụ tìm kiếm thôi, những thứ đó mình đã rành rọt hết rồi. Hehe, hồi đó có vẻ hơi tự mãn! Rồi mình không tham gia, sau này tiếc lắm mà biết sao được. Thôi, không dài dòng nữa, vào vấn đề chính của bài này!
Làm sao để có tài liệu?
Nếu chúng ta tìm kiếm cho một vấn đề thường thức thôi, những tính năng google sẽ hỗ trợ tối ưu và nhanh chóng cho bạn. Còn vấn đề của chúng ta là tài liệu mang tính chất học thuật. Đa số các tài liệu này là Tiếng Anh. Tuy nhiên, hiện nay tài liệu Tiếng Việt cũng được chia sẻ khá nhiều dưới dạng các Khóa Luận, Luận Văn, Luận Án, Bài giảng của các trường đại học… Như vậy để giải quyết vấn đề trên chúng ta tiếp cận theo tài liệu Tiếng Việt riêng và tiếng Anh riêng nhé.
1. Tài liệu Tiếng Việt
– Bài giảng, giáo trình của các trường đại học: mình nhận thấy các môn học ở các ngành kỹ thuật khá trùng lắp nhau. Các trường bạn cũng như sinh viên dược đều học chung một số môn cơ bản ví dụ như hóa lý, hóa hữu cơ, sinh học phân tử, hóa sinh, hóa phân tích… Do đó chúng ta có thể sử dụng bài giảng, giáo trình của trường bạn để bổ sung thêm kiến thức, làm rõ hơn vấn đề. Thường các trường chuyên về khoa học cơ bản viết những vấn đề này khá sâu, vì đó là chuyên ngành của họ.
Cách tải: Các tài liệu này thường chia sẻ miễn phí, nếu không tải được bạn có thể Google để tìm một nguồn chia sẻ khác bằng việc dùng từ khóa là tên tài liệu được chia sẻ, có thể tìm kiếm nâng cao filetype:[định dạng file] nếu cần.
Ví dụ: Mình tìm được: Giáo trình sinh học phân tử – Hồ Huỳnh Thùy Dương ở tailieu.vn nhưng ở đây buộc trả phí. Tên file của tài liệu trên là GT_SHPT.pdf thử tìm trên google với tên file đó nhé.
ebook.edu.vn là một địa chỉ tốt để tải các tài liệu dạng này. Trang này luôn có hình thức miễn phí có hạn chế cho sinh viên. Các bạn tham khảo hướng dẫn tại đây.
scribd.comtương tự cũng là một kho tài liệu, không phải của Việt Nam nhưng khá nhiều tài liệu Tiếng Việt; thường thì trang này yêu cầu chia sẻ tài liệu để tích điểm. Trong trường hợp không có điểm, bạn vẫn tải được tài liệu bằng cách được yêu cầu tải lên một tài liệu khác để đổi, cho nên đừng vội bỏ qua mà hãy tải lên một file nào đó, sau khi tải lên xong, bận nhấn Save & … ở góc phải gần cuối trang. Liên kết tải sẽ hiện ra.
– Khóa luận, luận văn, luận án: các tài liệu này thường nằm tại thư viện các trường đại học, hiện nay có khá nhiều trường đại học tại Việt Nam đưa hệ thống thư viện điện tử vào hoạt động. Hệ quản trị Libol của Tinh Vân được đa số các trường chọn thuê để xây dựng thư viện điện tử cho sinh viên. Tất nhiên chỉ sinh viên trong trường mới được truy cập.
Cách tải: Các bạn có thể liên hệ nhờ các bạn học trường này mượn giúp.
Hiện nay, các trang chia sẻ luận văn mọc lên như nấm ví dụ: 123doc.org, luanvan.net, hầu hết là bắt buộc trả phí, kèm theo một chính sách khác là chia sẻ tài liệu, tích điểm để tải tài liệu. Mình thì chỉ thấy việc tích điểm khả thi ở tailieu.vn, violet.vn còn những trang khác hơi khó khăn, cũng có thể do mình chưa thử hết, chưa có thời gian đầu tư vào các trang đó. Nhưng 2 trang trên khả thi đó, các bạn cứ yên tâm tích và đổi điểm nhé.
Hướng dẫn sử dụng tailieu.vn tại đây.
2. Tài liệu Tiếng Anh
– Các dạng tài liệu học thuật viết bằng Tiếng Anh cũng bao gồm bài giảng đến từ các trường đại học nước ngoài (tên miền thường có .edu). Với những tài liệu dạng này thường họ sẽ chia sẻ miễn phí.
– Khóa luận, Luận văn, Luận án: tương tự cũng ít trường để ở chế độ tự do xem, tải vì đơn giản đó là kết quả lao động, chất xám của họ; đồng thời đảm bảo vấn đề bản quyền các trường này thường giới hạn trong nội bộ sinh viên, nhân viên của họ. Bạn có thể nhờ bạn bè học ở các trường này tải giúp.
– Bài báo trong các tập san khoa học (Paper/ Journal): thường bạn sẽ tìm thấy các bài này trên pubmed, các trang của NXB như Wiley, Sciendirect…
Các bài báo miễn phí: đa số các bài Original Paper (bài nghiên cứu gốc) là tính phí, tất nhiên một số miễn phí, các bài miễn phí thường được google scholar; pubmed dẫn liên kết để bạn có thể tải về nhanh chóng.
Bên dưới là một mẫu tìm kiếm bằng Google Scholar, kết quả trả về thường kèm liên kết tới bài báo miễn phí. Ngoài ra Scholar còn cho biết "số phiên bản" của bài báo, ở đây muốn nói đến 6 vị trí lưu trữ bài báo, trong 6 vị trí đó thì trên wiley.com có bản PDF miễn phí. Các bạn hãy để ý đến dòng "Trích dẫn 211 bài viết"; thông tin này cho biết có 211 bài viết đã sử dụng thông tin từ tài liệu này để trích dẫn lại; điều này giúp ta đánh giá tầm quan trọng, độ tin cậy của tài liệu này.
Hướng dẫn chi tiết về Google Scholar: Xem hướng dẫn
Còn Pubmed sẽ cho bạn liên kết đến bài miễn phí ở góc phải như hình.
Các tài liệu có phí này có thể có bản chia sẻ từ tác giả, từ cơ sở nghiên cứu của tác giả. Bạn có thể truy cập researchgate (Mạng xã hội dành cho người nghiên cứu) để tìm kiếm bài báo, rất nhiều trường hợp các tác giả chia sẻ nó miễn phí.Các trường đại học nước ngoài thường mua CSDL của các nhà xuất bản này để phục vụ cho công tác nghiên cứu và sinh viên trường mình; nói như vậy có nghĩa là bạn có quyền nhờ cậy rồi. Hãy sử dụng mối quan hệ của bạn nhé.
Trường hợp bạn không có mối quan hệ nào: hãy vào facebook và tìm kiếm một số Nhóm tải tài liệu khoa học, Nhóm tải báo; ở đó có một số anh chị đang học ở các trường này có thể giúp bạn. Hãy đọc kỹ nội quy của nhóm trước khi muốn đăng gì đó nhé, nếu không bạn sẽ bị mời ra không thương tiếc :D. Trong nhóm này sẽ có một số Note trình bày rõ về các cách truy cập nguồn tài liệu, các bạn có thể tham khảo. Nếu đọc đoạn này thấy thắc mắc các bạn có thể liên hệ mình qua tin nhắn facebook nhé: facebook.com/tit992.
Cách cuối cùng: thật ra nó là cách bạn nên làm nhất, hãy tìm địa chỉ email của tác giả bài báo và viết một email gửi cho họ trình bày đề tài bạn đang nghiên cứu, tài liệu bạn cần. Nếu khả năng Tiếng Anh tốt bạn sẽ thành công và điều tuyệt vời hơn là tác giả có thể sẽ tư vấn nhiều hơn cho bạn về đề tài nếu đó là mảng nghiên cứu của họ, biết đâu bạn sẽ ghi danh vào một vị trí học bổng nào đó của giáo sư này. Để tăng tính tin cậy bạn nên sử dụng email mà trường cung cấp cho bạn, các email có dạng .edu. [Tham khảo bài viết: Câu chuyện về email \@uphcm.edu.vn]
– Patent – Bằng sáng chế: Đây là dạng tài liệu mình vừa tiếp cận sử dụng mới đây thôi, từ báo cáo Dược liệu 3 mà mình phát hiện ra một công cụ hay ho khác của google – Google Patent. Tương tự như các công cụ chuyên biệt khác, cái này sử dụng cho việc tìm kiếm bằng sáng chế. Hãy thử khám phá nó nhé, nhiều thứ hay lắm đó.
– Sách: Đa số có bản quyền nhé, khuyến khích mọi người nên mua để đọc, mượn thư viện, mượn bạn bè… tuy nhiên sinh viên chúng ta làm gì có tiền!Giải pháp: có thể tìm các giáo trình khác có bản ebook miễn phí, một số thư viện điện tử đại học cũng có bạn có thể nhờ truy cập, Nhóm tải báo mình đề cập ở trên cũng có thể hỗ trợ bạn. Một số trang web cũng chia sẻ tài liệu, sách nhưng bất hợp pháp nên mình không nêu ra ở đây.
3. Tóm lại
Tóm tắt những ý trên chúng ta có các cách sau cho nhu cầu tài liệu:
– Sử dụng các tài liệu miễn phí.
– Trường hợp tài liệu có phí cố gắng tìm kiếm các nguồn liên kết khác như qua google scholar (Xem hướng dẫn), researchgate.
– Bạn có thể yêu cầu giúp đỡ khi cần thiết từ bạn bè tại các trường này, từ Nhóm tải báo…
– Nhờ sự giúp đỡ từ chính tác giả.
Biết rằng các bạn sẽ còn nhiều thắc mắc, hãy thử đọc các Note trong Nhóm tải báo nhé, thắc mắc của bạn sẽ được giải quyết nhiều đó.
Mồng 1 Tết! Chúc mọi người một năm thành công và thắng lợi!
Một ngày đẹp trời Khoá luận của bạn mở lên và Heading bị đen lại.
Tốt nhất đập đi làm lại... Lần 1. OK
Lần khác mở lên, đen tiếp... Đập làm lại...
Đã bị thì nó sẽ bị hoài...
Cách giải quyết như sau:
Bước 1: Lưu lại 1 file mới cho chắc ăn
Bước 2: Trên file mới đang mở tạo Macro như sau:
Chọn tiếp Dấu cộng(+)
Cửa sổ mới như sau:
Dán đoạn code sau vào:
Sub RemoveBlackBox()
'
' RemoveBlackBox Macro
'
'
For Each templ In ActiveDocument.ListTemplates
For Each lev In templ.ListLevels
lev.Font.Reset
Next lev
Next templ
End Sub
Cuối cùng nhấn Run (Hình tam giác ở góc trái màn hình).
Chờ đoạn code chạy xong thì tắt cửa sổ đi là xong!
Tham khảo từ superuser.com
Đối với các định dạng trích dẫn Việt Nam yêu cầu phân chia tài liệu Tiếng Việt riêng, tài liệu tiếng nước ngoài riêng. Để thực hiện việc này, chúng ta bắt đầu từ bước nhập dữ liệu trong EndNote.
Bước 1: Tại trường Language các bạn tiến hành định nghĩa ngôn ngữ cho tài liệu.
Đối với tài liệu Tiếng Việt các bạn gõ vào vi hoặc vie, đối với tài liệu Tiếng Anh chúng ta gõ vào en hoặc eng.
Lưu ý: các ký hiệu vi, vie, en, eng là do cá nhân người dùng tự quy ước, không liên quan đến EndNote, do đó các bạn có thể thay đổi tùy ý. Tuy nhiên, những ký hiệu trên đây được dùng khá phổ biến.
Bước 2: Chỉnh sửa Style cần sử dụng
Edit\ Output Styles\ Edit "…" Một hộp thoại xuất hiện.
Trong Bibliography\ Sort Order\ Other… Một hộp thoại hiển thị yêu cầu bạn đặt thứ tự ưu tiên sắp xếp. Bây giờ bạn tiến hành sắp xếp theo ngôn ngữ trước để chia đôi các tài liệu tiếng Việt riêng, tiếng Anh riêng.
Chọn trường Language cho ưu tiên sắp xếp thứ nhất. Chọn ZA nếu bạn muốn sắp xếp từ Z đến A (vi đến eng).
Sau khi hoàn thành bước trên, các bạn tiếp tục chọn thuộc tính sắp xếp ưu tiên, ví dụ theo tên tác giả… Chọn AZ hoặc ZA để có thứ tự.
Cuối cùng, nhấn OK.
File\ Save… để lưu lại thay đổi hoặc File\ Save As… để lưu lại thành 1 style mới.
Chúc các bạn thành công!
- EuPathDB: Provides access to pathogen annotation resources available on EuPathDB databases
This package helps us to retrieve annotation data from EuPathDB.
- AnnotationForge: Tools for building SQLite-based annotation data packages
Databases for fungal pathogens were provided on different platforms, we need a way to make it compatible to input into other analysis packages. Annotation Forge is a robust tool for this task.
- AnnotationHub: Client to access AnnotationHub resources
The Bioconductor team wants to collect popular web resources into their package called AnnotationHub. This beneficial tool provides genomic and transcriptomic profiles for many applications.
- Biomart: Interface to BioMart databases (i.e. Ensembl)
This tool provides a way to access BioMart (Ensembl) annotation database directly from R. This is very useful to query annotation data from Ensembl.
- clusterProfiler: A universal enrichment tool for interpreting omics data
This package provides an interface for functional annotation using data from various sources. They also provide excellent functions to visualize enrichment results obtained from its analysis.
- hpgltools: A pile of (hopefully) useful R functions
This is a set of functions really helpful for host-pathogen interaction analysis.
One of my very first bioinformatic tutors develop it!!! I should say that the author of this package is a super lovely scientist. I was an amateur guy in bioinformatics when I started my Ph.D. There were so many simple troubles I was struggling with every day. I have some problems with the database on AnnotationHub. I contacted him, and he was so helpful and kind to help me a lot. He made an Rmd file to guide me in handling my data and try to explain basic things via email. I am very grateful to him. Hope to see him in person somewhere soon!
If you are working in microbiology and usually do growth curves, this is a topic for you.
I worked with growth curves during my working time. I have done this on 96-well plates and gotten a lot of data points. I saw some people copy and process those data types with Excel and GraphPad. It is terrible for me!
For Candida auris, I measured every hour for at least 2 days which is not able to plot manually with MS Excel or GraphPad. Therefore, preparing some R scripts for data processing and visualizing is make sense.
1. Prepare your data
When you get data from the plate reader, it is in CSV or excel formats. You need to name your files by the same pattern with different time points, we will extract the number for plotting later. All data files are put in the same folder.
I guest your data from the plate reader will look like below with 96 data points.
2. Import your data into R and transform it into the long format
#call library
library(tidyverse)
library(reshape2)
#get file name
#change pattern following your file names
listFiles <- list.files(pattern = "mBioRev_GR_*")
#read data from excel into long data and annotate the data
listData <- lapply(listFiles, function(x) { #read all data into a list
df = melt(readxl::read_excel(x, #use melt() from reshape 2 to make long data
range = "A13:M20", #select your data region
col_names = c("row", seq(1:12))), #add column names from 1-12
value.name = gsub(".*_(.+)h.xlsx", "\\1", x),
variable.name = "col")
df$ID <- str_c(df$row, df$col) #generate an ID column from row names and column names. Result of ID should be A1-H12
df<- df[,c(4,3)] #select ID and OD value that we need
})
After this step, each file will be an element of listData, you need to convert listData into data frame.
#convert list to dataframe
dat <- Reduce(function(x,y) merge(x=x, y=y, by="ID", all=T), listData)
#transform into long data
ldat <- melt(dat, variable.name = "time", value.name = "OD600")
Your final result should look like below
3. Load metadata
Prepare metadata for your 96-well plates.
- for medium
- for strain list
#load metadata into R and anotate
meta_medium <- readxl::read_excel("meta.xlsx", sheet = "medium",
col_names = c("row", seq(1:12)), skip = 1)
meta_medium <- melt(meta_medium, id.vars = c("row"), value.name = "medium") #transform into long format
meta_medium$ID <- str_c(meta_medium$row, meta_medium$variable) #generate ID (A1-H12)
meta_medium <- meta_medium[,c(4,3)] #select essential columns
#do similar for strains
meta_strains <- readxl::read_excel("meta.xlsx", sheet = "strains",
col_names = c("row", seq(1:12)), skip = 1)
meta_strains <- melt(meta_strains, id.vars = c("row"), value.name = "strains")
meta_strains$ID <- str_c(meta_strains$row, meta_strains$variable)
meta_strains <- meta_strains[,c(4,3)]
#merge metadata from strains and mediums
meta <- merge(meta_medium, meta_strains)
4. Join your data with meta
#Join data
pdat <- merge(ldat, meta, all= T)
5. Visualize data
#call library
library(ggplot2)
library("ggsci")
#check your data structure first to make sure numeric value of time and OD
str(pdat)
#convert to numeric
pdat$time <- as.numeric(as.character(pdat$time))
###plot for each medium
p <- ggplot(data = pdat[pdat$medium=="YPD"&pdat$strains!="control",],
aes(time, OD600, col = strains)) +
geom_point() +
geom_smooth(se = FALSE,alpha=0.5, span = 0.3) +
theme_bw() +
scale_color_npg() + #set nature journal colors
theme(text = element_text(size = 20), legend.position=c(0.8, 0.4))
#Saving as svg
svg("YPD.svg", # File name
width = 8, height = 7) # Paper size
#plot name
p
# Closing the graphical device
dev.off()
Your result should look like the figure below
